1、横陇决堤，却牵出一宗贪污弊案，但此案牵涉到极高层，令包拯陷入重重危机，而案中主要证人，又在重要关头被人在密室下毒杀死。而公孙策又因为患了怪病，快将失明，令包拯失去援手，包拯终破此奇案。

2、王朝、马汉身陷冤狱，包拯路见不平，拔刀相助，终令二人沉冤得雪。当父母官的念头在包拯脑中浮现，仁宗推波助澜，终赐包拯知县一职。一宗十年前的七尸八命案的逃犯却被人发现，包拯遂接下这十年前的命案上任，此案中所有重要证人竟然相继人间蒸发。包拯抽丝剥茧，却发现竟然案中有案，终令十年前那命案的重重谜团得以解开。

3、展昭无意间得悉有人要在金龙寺行刺包拯，但因为包拯接了皇上密旨，一时间行踪不明，公孙策遂决定先行混入金龙寺，希望能在包拯抵达金龙寺之前找到刺客。岂料金龙寺内竟然藏龙卧虎，展昭突然在密室中毒，而寺内双相继发生离奇事件，令公孙策陷入迷雾之中，包拯力挽狂澜，终破此案。

在第二部里，包拯（陆毅 饰）已经褪去了初生牛犊不怕虎的生涩和冲动，而成了稳重有担待的县城父母官，偏安一隅为民请命。

这天收到皇上急召回京，查办收受贿赂贪污的官员接连连续死亡的案件。

少年包青天再次出动，而沿路上在各个案件里遇见的王朝马汉、张龙赵虎，日后都会是我们熟悉的大名鼎鼎的包公身边的护卫人物。

公孙策（任泉 饰）已然拜服在包拯的聪明才智下，甘愿辅佐他办案。这次遇见的姑娘的是惯偷小蜻蜓（范冰冰 饰），活泼捣蛋的她一直身份神秘，直到案件去到大画家冯止水事件，大家才明白小蜻蜓的身世悲惨：收养她的义父自小视他如己出，为她亲笔作画《牡丹亭上的少女》，内藏一秘密。后来失踪于江湖再无音信，多年来小蜻蜓用尽办法找寻义父下落皆无消息，这次唯有希望包拯能查出事情真相。