哈利·波特十三岁了，将是他在霍格沃兹的第三个年头。在他的生日那天，不过白天哈利收到了来自姨夫的一份最为糟糕的生日礼物——玛格姨妈要来这里住上一个星期！

这个女人每次出现在哈利面前都会给哈利带来不愉快的记忆。这次也不例外，她开始无休止的侮辱哈利已经故去的父母，忍无可忍的哈利终于让她成了一个飞向蓝天的人形气球。

怒气冲冲的哈利收拾好行李离开了姨夫的家，在黑暗中他看当哈利疑惑不解的时候，远处驶来了魔法部的爵士公车。就这样，哈利来到了伦敦。而哈利一直对魔法部为什么没有因为他对麻瓜乱施魔法而惩罚他感到疑惑，但渐渐他明白了事情的原委。

阿兹卡班的监狱中逃出了被传为万恶不赦的小天狼星布莱克，据说布莱克是伏地魔最为得力的助手，用一条咒语杀死了13个人，而他逃出阿兹卡班的原因就是要寻找哈利·波特，阿兹卡班监狱已经派出了摄魂怪来追捕小天狼星。

不过事情并不像风传中的那样简单，小天狼星本是哈利父母的好朋友和哈利的教父。哈利得知自己的父母是因为小天狼星的出卖而被伏地魔杀害的之后，决定找到小天狼星并与之决斗。一场恶战迫在眉睫，小天狼星不是传闻中无恶不作的凶徒。

哈利波特第三部阿兹卡班的囚徒主要是围绕小天狼星布莱克为核心展开的故事，最初人们只知道小天狼星是一个杀人犯，但是通过在尖叫棚屋里发生的一切让哈利波特一行人了解到了事情的真相，小天狼星只是一个背锅的，由此也成为了哈利的教父，此外，这一部里揭露了罗恩的老鼠斑斑同样也是阿尼玛格斯，就是小矮星彼得，而这一集故事之后，哈利波特也将迎来黑暗时代，伏地魔的即将复出让整个魔法世界变得不再平静。